Elle regroupe, en son sein, outre les principaux organismes diffuseurs de musique d'orgue du Québec, incluant les sociétés de concerts et les maisons d'éditions, les organistes professionnels, les étudiants, les musicologues, les organologues, les historiens, les facteurs d'orgues et les mélomanes.

La FQAO est membre adhérent de la Fédération Francophone des Amis de l'Orgue (FFAO), son pendant français, laquelle fédère actuellement 220 associations d'amis de l'orgue françaises et francophones qui représentent elles-mêmes plus de 12 000 membres.